Yo tengo puesto el sistema asi:
Deposito -> Bomba -> Radiador -> Bloques -> Deposito
Explicaciones:
Los bloques los tengo puestos en Y por una rama chipset y grafica por la otra cpu. La idea era que el agua llegase en condiciones optimas de Tª a la cpu y no afectase a chipset y grafica y viceversa. En la practica no he notado diferencias aunque si un sistema un poco mas flexible para manipular.
El radiador en la parte superior de la caja extrayendo aire del interior. El aire caliente producido sale directamente al exterior y las unicas fuentes de calor son los discos duros ya que la fuente extrae su aire caliente directamente al exterior tambien. Así practicamente tengo la caja a la temperatura ambiente.
La colocación del deposito delante de la bomba es para que no le falte flujo de agua a esta (mal asunto si a la eheim le entra aire en funcionamiento) a parte que el deposito retarda el aumento de Tª en el sistema si la ventilación no funciona como debe, dándote mayor margen de maniobra. Tambien compensa las pérdidas por poros en el circuito (hasta que los subsanes).