Yo no pondría dos SO en la misma partición, (y el 200 en ntfs claro)
A mi modo de ver lo suyo s dejar una partición fat16 primaria activa para que los dos windows dejen sus archivos de arranque y luego le das la ruta en la instalación para que dejen sus directorios windows, documents and settings y esas cosas. Entocnes tienes que tener en cuenta unas cosillas
El win9x al instalarse te pisa el mbr y te pone lo que quiera, lo que significa que cada vez que lo haga debes restaurar el arranke de los demás SO (en linux ejecutando lilo y en win2k en la consola de recuperación con bootcfg y bootmbr o algo así)
Lo + aconsejable es hacer las particiones con el diskdruid o fdisk de linus o l diskpart del nt, pasa totalmente del fdisk de dos y del partition magic y esas cosas tú mismo pero yo personalmente no soy partidario si lo puedes hacer con otros (me a fastidiado bastante en diversas ocasiones)
Si ya tienes tú super win9x y linux, instala el win2k donde kieras (pero te pondrá el arranke donde lo pueso en su tiempo el 9x) y entonces deberás restaurar el arranque del mandrake (si lo tenías x mbr) y añadir la entrada para la partición primaria activa (donde arrancan los windows).
En un principio te saltaría el gestor de arranque de linux y seleccionarías entre linux o windows, y luego l gestor del nt y seleccionas entre win2k con sus variantes o win9x. Si kisieras, ya verás que podrías poner el arranque en solo un gestor con alguno de los enunciados o con un bootmagic o algo así…
Está un poco liada la explicación pero de verdad que ahora no stoy para más, si tienes alguna duda ya te resonderé mejor, ok?
De todos modos busca pues hay muchos posts sobre este tema