hombre, a veces tienes que instalar programas en tu home porque la máquina no es tuya, y no puedes instalar ahí fuera, pero lo normal en un ordenador de casa, es instalar en /usr/bin o cualquier directorio que este dentro del path del sistema, si no, vas a tener que andar poniendo siempre la ruta completa, por ejemplo ~/runner/mldonkey/mldonkey y es un poco cansado… puedes mover las carpetas como tu decias con mv, pero como normalmente será solo un ejecutable, prueba a copiarlo a /usr/bin, pero ojo que no todos los programas funcionan igual, por eso digo lo de siempre... documentacionnnnnnn