Hola,
mira a ver si tienes puesta demasiado rápida la repetición de las teclas, si te das cuentas, si repites dos veces la pulsación de la tecla de un acento, te salen dos acentos ´´
Para ello vete a Panel de Control, teclado , Retraso de repetición y le pones Largo, o por el medio que es donde lo tengo yo.
Otra cosa que se me ocurre es que el dispositivo de teclado que tengas configurado no sea el correcto, para saberlo vete al icono de "Mi Pc" y con el botón derecho le das a "administrar", administrador de dispositivos y en la parte de la derecha le das al "+" de teclado, te debería de salir el "Teclado estándar de 101/102 teclas o Microsoft Natural Ps2 keyboard", si te sale otro cambialó por este que te digo yo.
Si todo eso no te funciona (que será lo más probable) puedes intentar arrancar con un disquette de MSDOS 6.2, y activarle el teclado en español con "keyb sp" y ver si te escribe acentos, así descartas que sea problema de tu teclado
Edito: Otra cosa que se me acaba de ocurrir es que si tienes (o te han metido) algún keylog que no está especificamente programado para los acentos también hace cosas raras, por ejemplo, si te pones en el Windows XP el Back Orifice 2000 1.1 y le activas el Keylog falla y hace que los acentos no salgan, o salgan dos seguidos, etc. Te lo digo para que, por si acaso, le pases un buen antivirus actualizado, aunque que quede claro que el bo2k no es un virus (aunque los antivirus lo detecten) sino una herramienta de administración remota (RAT).
Ya nos contarás…
Salu2!