a ver, vamos por partes.
yo tengo una hd4870 en una placa 939 con pci-express 1.0 y me consta que mucha gente más también y sin ningún problema, no creo que venga por ahí la cosa, aunque todo puede ser.
no compres una placa base nueva antes de conocer donde está el fallo. prueba el micro, las memos y la gráfica en otra placa base 939 para descartar, no vaya a ser que te pilles una placa nueva y luego el fallo estuviera en el micro por ejemplo, que se haya quemado.
para la gráfica va a ser indiferente q el micro sea de uno o dos núcleos, va a tener la misma limitación que un doble núcleo 939 a la misma frecuencia, los juegos sólo usan un núcleo. aún así no va a significar que por tener una hd4850 con ese micro de repente sea como si tuviera una 8800gts, no, le va a rendir bien.
las memos tampoco le van a limitar si son buenas. con las que yo tengo de firma consigo más ancho de banda que unas ddr2 800 en un intel. ten en cuenta q amd tiene el controlador de memoria integrado.
un saludo