@clipper No soy especialmente entendido en RLs, pero...
Teniendo en cuenta que es sólo para la CPU, yo pondría el radiador en posición horizontal, esa en la que comentas que se comerá todo el calor del PC pero la GPU pillará aire fresco.
¿Por qué? Porque si la GPU va refrigerada por aire, no te interesa añadirle calor extra. En cambio, que la CPU pueda recibir algo más de calor o digamos "refrigerar un poco menos", es más o menos irrelevante, teniendo en cuenta que tiene una RL para ella sola. Quiero decir, que por mucho calor extra que reciba el radiador, la CPU va a seguir siendo el elemento más fresco del PC, porque la RL tiene siempre un mínimo de eficiencia (bastante).
Lo de adaptar una RL de CPU para la GPU, yo no termino de verlo tampoco... Así que iría a lo seguro.
Saludos