Si no he entendido mal lo que dices, es muy sencillo. Directamente desde HTML puedes enlazar a una página concreta del PDF, mirate ésta página y te dice como se hace.
Si lo que quieres hacer es aparte de lo anterior, buscar dentro de un PDF unas palábras específicas, desde PHP lo podrás hacer por ejemplo con la PDFlib, y desde java también se puede bajándote algunas librerias.
De todas formas, mira a ver si SearchBlox es lo que quieres. No lo he usado nunca, pero parece justo eso no? Igual que Beagle o la barra de google te deja buscar dentro de PDFs, HTML, .doc, etc.