Una forma fiable sería ciclando la batería y midiendo la energía que puede almacenar. Esto se podría hacer comparando la duración de una batería en buenas condiciones bajo una carga intensa y constante. Hay apps como esta, que sirven para eso. Una vez que tengas la duración de la batería tipo, puedes comparar otras baterías.
Si quieres construirte un invento, con un polímetro y una resistencia, podría valerte. Tendrías que medir cuánto tiempo tarda la batería en descargarse e ir tomando puntos de tensión o corriente de vez en cuando. Con eso y unos sencillos cálculos echando mano de la ley de Ohm, puedes averiguar el porcentaje de carga que le queda a la batería.
Si quieres automatizar el proceso, una forma barata sería con Arduino, que además te permitiría comprobar múltiples baterías simultáneamente. Si la batería es de menos de 5V (a no ser que vayas a comprobar baterías de portátiles, ese sería el caso), puedes conectarla directamente a una entrada analógica del microcontrolador. Si vas a usar baterías de mayor tensión, puedes echar mano de un divisor de tensión (una vez más, la ley de Ohm es tu amiga). Le pones una resistencia y escribes un programa que vaya midiendo periódicamente la tensión. Conociendo el valor de la resistencia, la tensión con respecto al tiempo y tiempo total de descarga, puedes hallar tanto la carga total (Ah) como la energía total (Wh) y ese valor lo podrás comparar directamente con las especificaciones de la batería. El cálculo lo puedes hacer en la programación de Arduino y lo puedes devolver a través del puerto serie.