En primer lugar no creo que sea fallo del canal IDE. De todas formas, has probado a borrar las particiones del HD en todos los HD's antes de empezar la instalación limpia del S.O. en cuestión?
Por otro lado, en Linux el tipo de partición tiene que ser EXT3. También tienes que crear una SWAP para el intercambio de archivos y programas en memoria. De todos modos la mayoria de las distribuciones Linux te asigna el espacio automaticamente en el HD.
Respecto a los otros S.O. prueba a hacer lo mismo, borrar totalmente las particiones y dejar que el propio S.O. te las cree o bien usar la herramienta correspondiente del fabricante para crearlas.