Es curioso. Yo experimenté hace algún tiempo un problema similar en la placa de mi firma, con Windows 7 professional 64bits concretamente.
En una actualización de software (o no recuerdo si fue un formateo), súbitamente los USB 3.0 frontales (conector integrado en la placa + un cable de prolongación a los propios puertos) no volvieron a funcionar como 3.0 jamás, aunque sí como 2.0, pero el sistema avisaba de que podía ir más rápidamente cada vez que introducía un dispositivo 3.0.
Por más que busqué drivers, instalé, desinstalé, formateé, compré cables USB 3.0, adaptadores y artefactos de conexión a la placa específicos de 3.0, en ningún momento los puertos que se conectan al conector interno de la placa han vuelto a funcionar como USB 3.0.
Yo también lo dejé por imposible y compré una tarjeta PCIe 1x con varios puertos USB 3.0 y unos alargadores, que es una real chapuza y el rendimiento cae un poco, pero es que no existe por el momento solución y parece que hay algún que otro testimonio similar por las redes. Yo sí me aventuro a decir que es un asunto de software propietario, porque con todos los drivers que he probado ninguno ha dado resultado, y no es defecto del conector porque esos USB 3.0 han funcionado anteriormente, desde que compré la placa. Si estuviese el conector dañado tampoco funcionarían como 2.0, pero sí lo hacen.
¡Saludos!