Toda la información sobre esos modos de conexión son fáciles de encontrar:
Por ejemplo:
IDE.
SATA.
SCSI.
A groso modo IDE era el estandar de conexión de los discos duros a nivel doméstico y estaciones de trabajo mas o menos sencillas. SATA ha sido su sustituto, cambiando las conexiones y cables (mas pequeños y delgados) y permitiendo una transferencia teórica mayor, aunque físicamente los discos duros no sean muy diferentes a los normales. SCSI es otro estandar bastante veterano (eso si, con sucesivas evoluciones) destinado a sistemas de alto rendimiento o de sistemas que necesiten accesos concurrentes a disco (léase servidores).
IDE y SATA (SATA II es una evolución que duplica la capacidad de transferencia teórica) son asequibles a nivel doméstico, y cuando compres una caja externa para meterle un disco duro deberás tener en cuenta que ambos sean o SATA o IDE para poder conectar el disco duro en el interior de la caja. Otra cosa es que lo compres ya montado, entonces solo deberás preocuparte de que sea USB, Firewire o eSATA y que tu ordenador disponga de alguna de esas conexiones.
SCSI no es la opción del usuario doméstico, con el precio de una controladora ya te compras un señor disco duro IDE o SATA, o el equivalente USB externo, y no digamos luego los propios discos, que encima suelen ser de menor capacidad.
Al comprar caja y disco duro debes tener en cuenta el tamaño de ambos. 3.5" es lo normal en ordenadores de sobremesa, y la caja externa debe ser exclusiva para ese tamaño o tener un adaptador. 2,5" es lo típico en portátiles (aunque existen tamaños menores) y la caja ha de ser exclusiva para ese tamaño. Las cajas de disco duro de 3,5" casi siempre (o siempre) llevan un alimentador externo) las de 2,5" se pueden alimentar por el puerto USB sin adaptador de corriente, siendo mucho mas comodas para transportar datos, pero estos discos duros no alcanzan las capacidades de los de 3'5".
Espero que con esto haya sido suficiente ;).
Edito: Son muyyyy fácil de montar. Quitar dos tornillos (en algunos casos ni eso) y enchufar los dos cables internos de la única manera posible.