Pues segun dices ya esta desactivada la vga onboard no?.
La placa si mal no recuerdo esta limitada a 667mhz o 533mhz de memoria, mirate el manual para estar seguro, de todas formas en la bios te saldran las opciones disponibles.
Quitar esa opcion de "flexibility" te deja mas frecuencia, pero esa opcion puede que aproveche mejor el montaje que tienes hecho, lo ideal hubiera sido instalar nada mas 2 gigas pero para saber con que configuracion te tiran mas esos 2.9 gigas en modulo y medio tendrias que hacer pruebas.
Salu2.