Bueno, si no te eh entendido mal, vos lo que desais es dejar permanentemente un sistema operativos funcionando, y que el otro disco solo este como parte del almacenmiento, Me imagino que lo haces para evitar formatear todo el equipo, a algo asi, bien si este es el caso; por que no probas lo siguiente.
Cuando se instalan dos discos duros, es necesario por medio del Jumper (no se como lo llamais vos) decir que disco duro es el master o esclavo (claro esto en discos IDE) pues bien, aqui mi solucion, cambia el disco duro, donde se encuentre el sistema operativo a master; y conectalo al ultimo conector del cable ide, y el otro como esclavo y al primer conector del cable IDE.
Ahora tambien podes probar el configurar la bios, en la parte donde se dice en que dispositivo ah de buscar primero bootear; colocas que en el hdd-? (el simbolo de ? es la ubicacion de que disco duro esta el sistema operativo que queres)
Recorda que el disco principal donde se encuentra el sistema operativo debe de estar como master, conectado al IDE 1 de la tarjeta Madre y al ultimo conector del cable ide; ese es el EStandar, que yo conosco.
Favor de decir si esto te ah funcionado Gracias.