Conozco una para registro, se llama RegSnap… lo que hace es una imagen del registro de antes de la instalacion, una de despues, las compara y extrae las diferencias... de hecho es manual, si encuentras uno que haga lo mismo, pero con la estructura de directorios creo que ya lo tendrias... yo lo use para "instalar" los juegos en el ciber donde trabajaba, asi podiamos restaurar imagenes bien limpias cada semana, y sin problema con los juegos por que se "instalaban" al ejecutarse xD
Al final los programadores acabaron diseñando uno que examinaba todo lo que tu comentas, si estuviera en mis manos te lo mandaria, pero no es el caso, hay que decir que estaba muy bien, por que incluso generaba ficheros ejecutables para cargarlo todo... en fin una caña, pero lo dejaron un poco de lado, y no funcionaba todo lo bien que deberia...
Si lo quieres para un fin similar al mio, te valdra con RegSnap... si quieres instalar Office, o otros programas que carguen muchas librerias y registros... no te servira.