Te equivocas.
LO PRIMERO que debes hacer es pasar todos los datos importantes de ese disco duro (descargas temporales del emule (y completas), el archivo de créditos del emule, etc) a otro medio como otro disco duro u otro soporte como los dvd.
Después ya harás todo lo que quieras, pero ya convendrás conmigo de que lo que te digo es primordial, ya que el estado actual de tu disco duro puede empeorar y las posibles soluciones pueden hacerte perder datos.
De todas maneras es solo un consejo. Si luego pierdes los datos definitivamente no me pongas cara de poker 🙂
En cuanto al "arreglo", yo primero tiraría por lo más sencillo. Y esto es que algún programa o virus haya podido fastidiarte la partición.
Así pues, yo probaría a borrar todas las particiones del disco duro, volverla(s) a crear y formatear el disco, pero un formateo completo (nada de formateo rápido).
Luego, y si todo esto va bien, juega con él un par de dias o tres: copia archivos a él, boralos, vuelve a copiar más, desfragmenta el disco duro, …
en fin, que le hagas sudar un poco (pero no hace falta que te pases 🙂 )
Si todo esto va bien, haz ya con el disco duro lo que quieras (vamos, que lo uses para lo que quieras).
PD: Para el formateo y particionamiento te recomiendo el partition magic, concretamente desde los disquetes de arranque que este programa te hace, ya que se carga lo mínimo en memoria y estarás exento de 3º problemas como virus o problemas de drivers.