He entrado par ver si el tema tiene alguna solución.
La verdad que yo también (en marzo del 2003) monté un ordenador y no tuve problemas (los discos duros eran nuevos), de tres SCSI y un IDE puse el SO en un SCSI sin problemas y el IDE le situé en cuarto lugar.
Pero toda la semana pasada estuve de los nervios. Cambié placa y procesador y al instalar el SO, el IDE se había hecho el jefe (partición C) y tampoco le he podido cambiar de letra, usando lo que dices e incluso desconectándo el IDE al volverle a conectar, se hacía nuevamente con la letra C (formateada incluso) sin remedio.
Solución, la mía, instalar un SO en C y un segundo SO en el segundo disco partición D con el correspondiente arranque dual.
Al menos ahora todo funciona a la perfección.
Si toqueteas el "boot ini", procura como te dicen. hacer una copia por si acaso. Y a lo mejor no ves arrancar el ordenador.
Yo lo hice y tuve que empezar de 0.
Saludos.