Yo tuve una MSI KT6Delta, mismo chipset que el tuyo, colocas el SATA y retiras el IDE, enciendes el equipo y la Bios identifica el SATA, reinicias y entras nuevamente a la Bios y escoges en BootSecuency que arranque el SATA, reinicias y ya.
Desde este momento ya puedes instalar el disco IDE y te reconocera los 2. Aunque parece ilogico, asi fue que tuve que hacer yo.
Saludos.