Si ese problema es tan regular como comentas, sin duda la culpa es del Disco Duro (inactivo) y la función de ahorro de energia que le despierta y te paraliza todo unos segundos.
Fíjate que no sea por esa tontería pq aunque tu estés jugando desde "C" todo y el otro HDD no se use y se duerma seguro que se vuelve a iniciar sólo (algún proceso activo lo reactivara) y así continuamente.
Ponle un margen mayor 1 ó 2horas o desactivala totalmente si esque no dejas el ordenador por las noches con descargas. ;D
1 Salu2