Estas confundiendo churras con merinas.
GNOME es la interfaz gráfica, al igual que KDE, XCFE o IceWM.
Ubuntu es la distribución. Una distribución es: el kernel o núcleo Linux y aplicaciones GNU, entre ellas la interfaz gráfica (en caso de Ubuntu, GNOME).
Un programa que es compatible con Debian (distribución) es compatible con Ubuntu, porque Ubuntu está basado en Debian.
Hay aplicaciones que se crean para funcionar para una determinada interfaz pero porque usan unas determinadas librerías que son propias de esa interfaz. Sin embargo, puedes instalar aplicaciones diseñadas para una determinada interfaz (por ej., k3b, diseñado para KDE) con otra interfaz que no sea esa (GNOME) instalando las librerías.
Por ejemplo, si quieres instalar k3b (quemador de CD) en GNOME desde Synaptic, este te indicará que necesita instalar otros paquetes: las librerías o partes de KDE que k3b necesita para funcionar en cualquier entorno, ya sea GNOME, XCFE o IceWM.
PD: por lo general, una aplicación desarrollada para una distribución puede funcionar en otra si esta aplicación la tienes que compilar. Otra cosa es el uso de paquetes (aplicaciones precompiladas para una distribución específica). Así por ejemplo, los paquetes *.rpm (Red Hat Package Manager) solo se pueden usar en distribuciones que usen este sistema de paquetes (Red Hat, Fedora, Suse, Mandriva, …) mientras que los paquetes *.deb solo se pueden usar en aquellas distribuciones que los soporten (Debian y Ubuntu y dervados de Ubuntu, principalmente).