Pero si puedes convivir una ntfs con un linux, yo tengo un XP y una red hat 7.3 andando sin ningun problema, lo unico que el intercambio de informacion entre las particiones no te va a ir como con una fat32, explico cuando estas en linux no puedes escribir en la ntfs, pero si puedes leerla.
Lo unico que tienes que hacer es compilar el nucleo añadiendole la opcion de lectura de ntfs, esta opcion ya viene en el kernel de la 7.3 pero hay ke activarla, creo que en la 9 ya no existe ese problema lo trae el nucleo implementado directamente.
otra diferencia con la fat32 y la ntfs son los archivos de paginación, en ntfs son menores y el acceso suele ser mas rápido, aparte suelen necesitar las defragmentaciones con menos frecuencia que un fat32. y por terminar el ntfs no tiene la limitación de escribir ficheros mayores de 4 gb, que si vas a grabar dvd por ejemplo tienes que tener ntfs.
sobre particionar el hd, yo te diria que como minimo hagas la de sistema, ya despues el uso que le des, si juegas mucho, si grabas cds o dvds, etc. yo por ejemplo rippeo todo lo que puedo y juego mas. yo no tengo mucho problema ahora ke tengo el 60 y el 120, en el de 60 tengo el windows y el linux y en el de 120 el baul de los recuerdos jeje. antes si tenia una particion de sistema, una de juegos y una para copias de cds, para poder formatearla de vez en cuando sin preocupaciones de fragmentacion y demas, tienes 40 imagenes de cds borras una grabas 4 mas, kitas 20 y grabas otras 10 etc etc y se te monta un pitote de la ostia jejeje
bueno creo que no me dejo nada en el tintero. espero servir de ayuda