En mi opinión, que el procesador no esté al 100% no creo que sea nada malo, en todo caso todo lo contrario, significa que el procesador aún puede dar más de sí.
Otra opción puede ser que el procesador tenga demasiada temperatura y que haya activado el sistema "throttling" que hace que no funcione al máximo de sus posibilidades, así que comprueba la temperatura.
Existe un programa llamado "ThrottleWatch" que detecta e informa sobre si se ha activado o no esta característica de estos procesadores.
La página del programa es:
http://www.panopsys.com/throttlewatch.htm
Y si quieres el programa directamente:
http://www.panopsys.com/ThrottleWatch.zip
Otra cosa que puedes hacer es definir qué procesador quieres que se dedique a una aplicación en concreto, o si quieres que se ocupen los 2 (siempre hablando de que tienes activado el Hyperthreading y que se supone que hay 2 procesadores).
Para esto, accede al "Administrador de tareas" y en la ventana de "Procesos" haz click derecho sobre el que quieras y seleccionas "Establecer afinidad…". Se abrirá una ventana en donde te dice qué procesador está trabajando con dicha aplicación o proceso. Si tienes marcado CPU 0 y CPU 1 significa que están trabajando los 2. Si quieres que uno tenga prioridad en esa aplicación (para que el otro se dedique a otra cosa), pues símplemente desmarca el que quieras.
Salu2.