Qué te aporta hacerlo por software respecto a dejarlo configurado en la Bios ? El clockgen normalmente solo se utiliza en placas base que tienen limitado el FSB en la Bios o que ni tan si quiera se les puede cambiar dicho parámetro. Utilizarlo en una placa base cuya Bios es completísima no lo encuentro de utilidad la verdad.
Así
PD: El comentario que hice en ese post de que me subía mas con el clockgen que por bios fué porque era en una placa base nforce3 150 que por bios no bloqueaba los PCI y AGP y en cambio por windows si, un caso muy raro y poco común.