Pues es bastante raro eso que comentas, puede ser que parte de tu hardware no sea compatible, pero la verdad es que es bastante extraño que no te arranque, puesto que las mayores incompatibilidades se producen con el hardware nuevo. Puedes mirar si tu hardware es compatible en la misma página web de cada distro.
Por otro lado al instalar el sistema en otro disco duro no tienes porque tener problemas con las particiones si sabes lo que haces o le das a particionamiento automático, como en el caso de Red Hat o Mandrake; en caso de que lo hagas manualmente recuerda que windows no sabe arrancar desde una partición lógica y te recomiendo una partición para boot, otra para / y una swap ( como mínimo, dependiendo de lo que quieras ).
Creo que si que se puede arrancar linux sin gestor de arranque lilo o grub, pero eso que me comentas de desactivar desde la bios según quieras usar windows o linux es un poco molesto; pero si que se podría hacer aunque no fuera lo más práctico.
Por último, que ya no me acordaba, quizás no sea tu caso pero ¿ tiene tu placa soporte para la protección de antivirus en bios ?, si es así desactivala, a mi con ella activada no me dejaba arrancar linux y tampoco los live cds de distros como knoppix ( por cierto muy buena y basada en Debian ).