Cuál ha sido el problema? Talvez haya otra solución.
De todas formas, si quieres guardar la configuración del boot tansolo has de guardar el archivo menu.lst de la carpeta /boot/grub
La partición /home se recomienda hacerla a parte de la raiz precisamente por este motivo; que al formatear no se te eliminen tus documentos personales, ya que dentro de home se almacenan todas las configuraciones de cada usuario de la maquina.
Las demás carpetas no son tan personales. la /etc almacena archivos de configuración fácilmente que te los regenera al instalar la aplicación sin más. Lo que si podrias perder, la carpeta /usr dónde se encuentran todos los programas instalados; por defecto /usr/share. Imagino que podrias copiar esta carpeta usando un LiveCD i posteriormente a la instalación nueva volver a copiar, y lo mismo con todas las carpetas.
Aunque yo te recomiendo hacer instalación nueva de todas las carpetas menos de la /home. (a no ser que cambies de SO)
Saludos!