A ver si contesta alguno de los expertos en el tema, pero creo que dejar la caja abierta no es la mejor solución, ya que no hay flujo de aire y tampoco alivia mucho la temperatura.
Lo ideal es poner un ventilador que meta aire por la parte de delante, y otro que saque aire por la parte de atrás. De esta manera creas una corriente de aire dentro de la caja del ordenador, y eso sí que ayuda a refrigerarlo.
El del lateral lo que hace es meter aire frío directamente hacia la zona donde está la CPU. Esto también ayuda bastante, pero ya hablamos de más ruido, a no ser que pilles unos buenos ventiladores silenciosos.
En mi caso tengo dos ventiladores metiendo aire (uno en la parte frontal y otro en la parte superior), otro en la parte trasera que saca el aire y el de la CPU. El que tengo en el lateral de momento lo tengo desconectado, pues tengo la temperatura bastante baja y de momento no me hace falta.
Saludos.