@Yorus:
Los archivos que he mencionado no están en la partición de sistema, pero si los autoexec.bat, config.sys, io.sys y msdos.sys. Quería dejar el tema arreglado por evitar problemas futuros, sobre todo a la hora de operar con particiones e incluso al hacer una imagen de la partición del sistema.
Mira si es curioso, que el administrador de discos me marca como partición de inicio y E: (la de datos) como partición de sistema.
Bueno, seguramente reinstale todo de nuevo, porque a estas alturas, con todo lo que tengo instalado, ya no me resulta tampoco práctico hacer una imagen del sistema.
autoexec.bat, config.sys, io.sys y msdos.sys no sirven para nada en sistemas basados en NT (como windows xp). Si que es raro el asunto. Desde luego, lo mejor que puedes hacer es formatear la partición de sistema y borrar los gestores y cargadores de inicio de la partición de datos, porque me parece a mi que si mueves algo en la de datos tal y como lo tienes ahora, el sistema va a dejar de arrancar.